……
第一份完整的实验报告,已经送到了张伟面前。
望着厚厚的实验报道,以及一大堆的实验数据,张伟有些头疼,于是他干脆直接问道:“山姆,直接说一下结果吧!”
报告的内容,都已经被山姆记在脑子里了,于是他直接介绍道:“根据你所列出的二十四种基因,莪们做了两种转入实验。
第一种更是我们将这二十四个基因,分别转入到小鼠的成纤维细胞中,结果是所有的实验体,细胞转化均呈现阴性,也就是说未见到诱导成功的喜报出现。”
“那也就证明,单独基因无法实现转化效果喽!”张伟开口道。
“准确的说,是这二十四个基因,单独无法实现转化效果。”山姆补充道。
“那说说第二种实验吧!”
“第二种实验,我们将全部的二十四个基因,同时转入到小鼠成纤维细胞当中,结果是细胞转化结果呈阳性。”
“转化后的细胞是什么样的?”
“你可能要失望了,虽然转化结果呈阳性,但细胞并没有发生明显的转化!我们将这些细胞放入到干细胞培养体系中,这些细胞无法生存。”山姆回答道。
干细胞培养体系,是为了额定诱导细胞是否成功而设计的。这个体系只能允许干细胞或拥有干细胞特性的细胞生存,也是干细胞的筛选体系。
张伟淡定的点了点头,这个结果完全是在他的意料之内,毕竟除了那四个基因之外,其他二十个基因都是张伟看着顺眼,找来凑数的,带着二十个凑数的,能成功才怪呢!
“单独一个基因无法产生转化,二十四个在一起却可以产生转化,这至少可以说明,这二十四个候选基因中,存在着至少一个组合,是有着诱导能力的。所以接下来,我们只需要找到这个诱导组合。”
“张sir,问题是我们不知道这个存在诱导能力的组合,是由多少个基因构成的。它可能是两个基因,三个基因,四个基因,甚至是十几个基因。”一名研究生开口道。
“十几个基因的组合,可以直接排除掉,一段基因就可以表达甚至是几种的生物学功能,如果只是拥有诱导能力的话,理论是不需要用到那么多基因来组成组合的。”山姆立刻回答道。
张伟立刻投给山姆赞许的目光,心中暗道,元芳,我还没问你怎么看呢,你都会抢答了!
下一秒,张伟还是开口问道:“山姆,你怎么看?”
山姆立刻答道:“如果这个组合只有两个基因,二十四个基因的话,一共有276个不同的排列组合,那对于我们而言是最佳的情况,哪怕是一个个的实验,我们也只需要要做276组实验,就能找到这个组合。
但如果是这个组合有三个基因的话,那就有2024个不同的组合。数量虽然有些多,但也不是没有可能进行实验验证。运气好一些的话,我们可能在前1000组的实验里,就能找到我们想要的结果。”
当山姆提到运气时,其他人都忍不住白了他一眼,作为老倒霉蛋儿,你是最没有资格提运气的好吗!
山姆也是微微一尴尬,但还是继续说了下去;“如果这个组合有四个基因的话,那就有10626种组合方式,我们想要通过常规实验手段,一个个的试,就比较困难了。
而如果这个组合有五个基因,那么就有42504种组合方式,我们根本不可能去做四万多组实验去找到结果。”
“所以我们得想办法,缩小一下排查范围才行。把二十四个基因的表格拿给我。”张伟开口道。
立刻有学生屁颠屁颠的把表格送到张伟面前。
张伟望着表格,装作沉思的样子,然后在其中一个基因上画了个圈,然后又装作沉思的样子,在另外一个基因上画了个圈,便开口说道:
“我觉得,这两个基因,是最有可能出现在诱导功能组合当中的。”
众人纷纷伸头望去,只见张伟画圈的是Klf4和c-Myc这两个基因。
“张sir,为什么是这两个基因?”
张伟不说话装高手,然后直接望向了自己的元芳。
山姆只好开口说道:“Klf4基因,本身就参与调控细胞增殖、分化、胚胎发育等重要生命过程。c-Myc则是一种可使细胞无限增殖、获永生化功能、促进细胞分裂的基因。这这两种基因的功能,在干细胞中都有所体现。”
“但是c-Myc是致癌基因吧?”另一个人提问道。
“c-Myc是致癌基因,但c-Myc基因在细胞周期的早期事件中发挥作用,促使静息期细胞转入分裂期。对于我们的先实验而言,的确是最有可能出现在诱导组合当中的。”山姆回答道。
张伟则露出了满意的笑容,找个山姆还真是找对了,换成是自己的话,根本就打不出来!
随后张伟又在表格上,用三角号标出了另外八个基因。
“这八个基因,我觉得可能性比较大,加上之前的Klf4和c-Myc,一共十个,我们就先做这十个基因,其他十四个暂时排除掉。”张伟开口道。
“那我们是要按照之前的方法,将这十个基因全都转入到宿主细胞当中么?”
“山姆刚才不是说了么,一段基因就可以表达甚至是几种的生物学功能,如果只是拥有诱导能力的话,理论是不需要用到那么多基因来组成组合的。所以我们还是要将这十个基因,分成若干个组,进行实验。”张伟回答道。
“那还是刚才的问题,我们并不知道这个组合有多少个基因。”那个博士后开口道。
“所以我们需要先确认这一点。”张伟说着又望向了山姆。
这一次,山姆没有回答,而是迟疑了几秒,才开口说道:“我不知道。”
元芳也看不出来了!
张伟则开口说:“山姆,我是想问你,你的幸运数字是多少?”
“是7。”山姆说出了一个大多数西方人的幸运数字。
“很明显,这不是你的幸运数字,否则的话,你不可能这么倒霉。换一个吧!”
“那5怎么样?”
“4?这个数字很不错!听起来就很幸运。”
“我说的是5……”
“好的山姆,以后你的幸运数字就是4了!”
山姆愣了愣神,“four“和“five“说出来差别挺大的啊,你英语再差劲,也不至于分不清吧!
张伟则自顾自说道:“我们就按照山姆的数字4,每四个基因分成一组!”
“啥?这就决定了?这么草率的么?话说你决定之前,都不仔细听人家说的是什么么?人家说的是5啊!我看分明就是你喜欢4!”众人心中忍不住吐槽道。
张伟则没有给大家反应的时间,他继续说道:“之前我们一定讨论过,Klf4和c-Myc这两个基因,是诱导基因的可能性最大。
所以接下来的实验,我们要以这两个基因为基础,然后再从另外八个基因中挑选两个,组成四个基因的组合,进行实验。”
“谁跟你讨论过了,Klf4和c-Myc明明是你自己圈的好吧!”众人心中接着吐槽。
“这样的话,一共有28个组合,我们就分成四个小组吧,每组做七个,很快就能得到结果。山姆,你来给大家分一下组吧!我去分以下28个基因组合。”
张伟安排完工作,一溜烟儿的跑了。
……
历史上,科研人员为了确定诱导组合,采用的是逐渐减少基因的方法。从24个,减到23个,做实验验证,再减到22个,再做实验验证,以此类推。
如果发现减掉哪个基因,无法产生细胞转化的阳性结果,那就保留这个基因,再去减少其他的。
就这样一次次的筛选和排除,经过大量的实验,最终才确定的四个基因的诱导组合。
然而张伟并打算采用这种方法,主要是因为排除法太耗时间了。每排除掉一个基因,就要做一轮实验,从24个到20个,就算每次都能排除成功,也得做二十轮实验,再考虑到实验会出现误差,做个三十多轮实验很正常。
若是刨去周末节假日休,最快也得花费大半年的时间。
对于一个中型科研项目而言,大半年的时间不算什么,甚至可以说是短暂。但张伟可等不起,他还要争取下个学期回清大呢。
于是只能采用这种更快速的实验方案。
山姆那边,很快的将团队成员分成了四个小组。
张伟也将28个基因组合,分成了四部分,每组做七个。
但他在分组的时候,特地将Oct3/4、Sox2、Klf4和c-Myc这个最终成功的组合,分给了山姆。
张伟觉得,山姆这么好的学术水平,如果浪费掉,实在是太可惜了。所以张伟打算给他一个成功的机会,帮助他重新建立信心,顺便洗刷倒霉蛋儿的人设。
另一个原因,则是因为他一直在拿山姆当工具人使唤,总得给点补偿吧。
当了难么多年的元芳,天天被狄大人呼来喝去的,怎么得让人家当一次燕双鹰吧!
山姆,是时候告诉整个普林斯顿大学,你不是老倒霉蛋儿!
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