小智一行人在旅途中来到某座城市的宝可梦中心，小智、小霞和小刚互相向介绍他们在路途中收服的宝可梦；小霞她在游町码头收服的墨海马唷唷唷喔区收服的可达鸭。小刚他在月见山收服的超音蝠，还有在美容街的宝可梦培育家小雪摆脱照顾的六尾。小智也给他们介绍的宝可梦，讲述了他在蓝普鲁奇和他们分别后发生的故事。

吃饭的时候，小智一行人谈论起了在大傻谷得到的宝可梦的蛋（小智保持沉默），一旁火箭队偷听到这个消息，然后趁机抢走了这枚蛋。小智一行人在找到火箭队时，喵喵正在照顾着蛋。在双方争夺蛋的时候，蛋孵化了，“原来这是波可比的蛋”。还好小智在蛋孵化前的瞬间及时把蛋扔给小霞，刚出生的波可比把小霞当成妈妈，小霞也非常高兴把波可比一直抱在怀里。喵喵含泪向波可比告别，要它“连他的份也一起获得幸福”。

宝可梦会把出生时第一眼看到的人当做父母。小智的皮卡丘有点特殊，当初没有把出生时第一眼看到的人（小智和花子）当做父母，不过对他而言小智的妈妈花子就是他妈妈，小智是兄弟（最重要的人）。

在旅程中，战斗必不可少。这天一个登山男要求对战，小智拿出妙蛙种子应战登山男的独角犀牛。

“独角犀牛，猛撞！”

“妙蛙种子，用藤鞭跳起来！”妙蛙种子用藤鞭敲打地面跳了起来避开了独角犀牛的猛撞，“飞叶快刀！”妙蛙种子使出飞叶快刀，一遍遍叶子从独角犀牛的方攻击——独角犀牛根本招架不住，输了。

独角犀牛是地面系加岩石系的妙蛙种子可以说完胜。

“妙蛙种子干得好。”妙蛙种子一副很痛苦的样子跪倒下来，小智立刻过去查看情况“你怎么了！？”妙蛙种子背的种子开始发光，小智立刻抱着妙蛙种子来到宝可梦中心。

乔伊把妙蛙种子带进治疗室检查，波可比突然兴奋起来小霞看向花瓶里的花朵渐渐盛开了。

过了一回儿乔伊走出治疗室，说道：“妙蛙种子只是开始出现进化的征兆。”

小霞和小刚连忙来向小智和妙蛙种子称赞，可小智觉得妙蛙种子好像有点不太高兴，但很快认为是自己的错觉。

然后乔伊带小智一行人走向窗口，外面的花朵开始盛开了转眼已经满花遍野还发出亮光，乔伊讲述了一个妙蛙种子的传说：“据说妙蛙种子到了某个时期，就会不知涌自各处，聚集在一块举办类似庆祝进化的庆典。而那个庆典呢，好像跟月亮的圆缺或是星星的运行有关。对了，它不见得是在每年的同样的季节举行的。”

“好浪漫哦~”

“看来我们好像是迎接了重要的时刻了。”

“进化是在哪里发生的呢？”

“再被称为不思议花园的地方哦~”

“不思议花园？”

“对，可是到目前为止从来都没有人看过那个地方，所以甚至被认为只是幻影呢。”

“不思议花园好想去看看。”小智默念道。

晚大家都在床睡觉，皮卡丘发现妙蛙种子跑了出来，于是就跟了去。

“嘎纳~！！”

“妙蛙种子！”小智突然梦到妙蛙种子出事了，惊醒过来。

“皮卡~皮~皮卡丘~！”皮卡丘跳到小智身。

“皮卡丘！怎么了？”小智看到皮卡丘焦急的样子意识到出事了。皮卡丘立刻用肢体语言告示小智，妙蛙种子出事了。小智叫醒小霞和小刚换好衣服跟着皮卡丘来到出事的地方。

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